Достаточно сложно установить первое учебное заведение Вологды. По одному из мнений, первым была цифирная школа, открытая в 1714 году. Духовная семинария таким образом, занимает второе по старшинству место. Вологодская духовная семинария в настоящее время является древнейшим духовно-образовательным центром северо-запада России. История ее возникновения тесно связана с реформами императора Петра I в начале XVIII века. В 1724 году трудами епископа Вологодского и Белозерского Павла (Васильева) в Вологде впервые была учреждена школа для обучения детей духовенства. Однако, после кончины епископа Павла, архиерейская школа была закрыта.
Новый этап развития и формирования духовного образования в Вологодской епархии связан с именем выдающегося иерарха XVIII века, члена Святейшего Синода, епископа Вологодского и Белозерского Афанасия (Кондоиди). В 1730 году епископ Афанасий возобновил школу, положив основание духовной семинарии. В документах школа значилась как «Славяно-латинская школа», «Славяно-латинская семинария», «Славяно-латинская и российская семинария». Во второй половине XVIII в. Семинария превращается в одно из самых крупных учебных заведений Севера, здесь одновременно обучалось до 500 человек. В самом начале XIX века в результате реформирования системы духовного образования младшие четыре класса духовной семинарии были отделены в самостоятельное духовное училище. Семинария славилась своей библиотекой, книжные собрания которой считались самым крупным книгохранилищем Севера России. Среди известных воспитанников следует назвать краеведа Н. И. Суворова, поэта И. А. Куратова, ученых Д. С. Белянкина, Н. Е. Введенского, М. Я. Мудрова, П. И. Савваитова. В 1918 году по решению советских властей Вологодская духовная семинария была упразднена. В 1990 году в Вологде открыто духовное училище, которое в 2014 году решением Священного Синода Русской Православной Церкви преобразовано в Вологодскую духовную семинарию.
Сегодня Вологодская духовная семинария является высшим духовным учебным заведением Русской Православной Церкви, осуществляет подготовку клириков и религиозного персонала православного исповедания по программам бакалавриата. Выпускники семинарии востребованы не только в епархиях, входящих в Вологодскую митрополию, но и во многих регионах Северо-Запада России.
За период обучения на бакалавриате студенты осваивают около 40 дисциплин, среди которых, богословские, церковно-исторические, церковно-практические, гуманитарные дисциплины, современные и древние языки. Преподавание в семинарии ведут высококвалифицированные светские и церковные специалисты, имеющие степени кандидатов и докторов наук из числа священнослужителей Вологодской епархии и сотрудников высших учебных заведений Вологды.
При семинарии функционирует центр подготовки приходских специалистов, который осуществляет обучение регентов и катехизаторов, работают курсы повышения квалификации клириков, открыто отделение подготовительного духовного образования и творческого развития для детей и юношества.
Преподаватели семинарии ведут активную научную работу в сфере церковно-исторических и библейско-богословских дисциплин. Издается научный журнал «Вестник Вологодской духовной семинарии».
На основании договоров и соглашений семинарий сотрудничает с ведущими учебными заведениями Вологды и духовными семинариями из других регионов страны.
С 2014 года Вологодская духовная семинария находится в стенах древнего Спасо-Прилуцкого монастыря.
В семинарии ведется большая воспитательная работа. Студенты принимают участие в региональных и общероссийских мероприятиях: научных конференция, соревнованиях, просветительских проектах.